Non c'è nulla di sorprendente nei tuoi problemi. Anzi, diciamo che non sono nemmeno dei problemi, ma sono cose che avresti già risolto se avessi letto in minimo di FAQ su ubuntu
Allora, ci fanno un paio di spiegazioni.
1) su root. FAQ fondamentale di X/K/Ubuntu, è, da quando ubuntu è stata creata, quella che riguarda l'utente root. root è, in ubuntu, disattivato di default. Al suo posto si può usare "sudo", ovvero un sistema che serve a concedere all'utente i permessi di root per ogni singola azione. Si usa nel terminale.
Va da sè, ovviamente, che non bisogna MAI (e leggi bene: MAAAAI) avviare una sessione grafica con l'utente root. E' una cosa estremamente insicura, in cui sottoponi tutti i bug e le vulnerabilità del tuo ambiente grafico e della tua connessione ad internet a tutto il sistema.
E' una cosa molto grave, ed assolutamente da non fare mai.
Puoi usare sudo da terminale.
2) tuttavia il problema che hai con amule è oltremodo ovvio, e non c'entra root, nè i permessi. O meglio, dal punto di vista si amule ovviamente si, perchè lui non può riconoscere di certo il filesystem su cui va a scrivere, e tutto quello che capisce è che trova le firectory taggate come read only.
Il problema essenziale, però, è molto diverso.
Grazie a mamma microsoft, infatti, e grazie al suo merdoso modo di trattare le informazioni e le specifiche dei propri prodotti, il formato dell'ntfs non è noto, e, quindi, Linux non è in grado di scrivere su ntfs.
Ci sono alcuni modi per ovviare al problema, di cui il più comodo è installare "ntfs-3g" (puoi farlo da adept), che è un driver che permette di scrivere su ntfs.
Il sistema di scrittura è ben funzionante e anche discretamente veloce, anche se, ovviamente, non è garantito.
Nessuno può sapere se l'ntfs, nelle secondi notti di luna piena di ogni mese, se il gallo canta in anticipo, vuole che gli propini i dati in un certo modo sennò cancella tutto. Si può dire che *generalmente* la scrittura va a buon fine, ma non si possono dare garanzia sulla continuativa consistenza dell'ntfs dopo ripetute ed importanti scritture.