Fa' una scansione completa col tuo antivirus per tranquillità e presta attenzione a qualsiasi comportamento "strano" del sistema nei prossimi giorni.
Anche se il sistema sembra pulito, io non me la sentirei di usarlo per, ad esempio, fare acquisti online con la mia carta di credito.
Il "bello" dei rootkit è che si inseriscono nel cuore del sistema (allo stesso livello di kernel) e sono potenzialmente in grado di fare qualsiasi cosa e di far fare qualsiasi cosa alla macchina.
C'è gente che ci ha rimesso i dati della carta di credito con quei cosi.
Nel tuo caso specifico, il rootkit era installato nel MBR del disco rigido. Il MBR normalmente contiene il software di basso livello necessario a far partire il boot del sistema operativo e viene eseguito dal Bios. Il MBR originale era replicato altrove sul disco in maniera tale che fosse comunque possibile eseguire il boot. Quel rootkit, fra le altre piacevolezze, conteneva del codice per mascherare la propria presenza attraverso un meccanismo di code injection e hooking con i driver di sistema. Se un programma cercava di leggere il MBR per vedere se era stato modificato, il virus gli faceva leggere il MBR originale salvato in altra parte del disco.
Comunque valuta tu cosa fare col tuo SO.